NSA dotychczas w swej globalnej aktywności miała opierać się na dwóch filarach strukturalnych. Za działania wywiadowcze w ramach tzw. SIGINT-u odpowiadała bezpośrednio Dyrekcja Wywiadu Sygnałowego (SID), która jednocześnie dysponowała jednymi z największych zasobów osobowych. Jej kompetencje oscylowały wokół potrzeby szpiegowania obcych celów, które uznane zostały za ważne dla USA. W swych działaniach koncentrowała się na przechwytywaniu wszelkich istotnych dla amerykańskiego wywiadu sygnałów, zarówno w ramach sfery systemów komunikacyjnych (COMINT), jak i wszelkich innych sygnałów elektronicznych (ELINT).
Natomiast za kwestię bezpieczeństwa własnych sieci teleinformatycznych dbać miała na bieżąco druga struktura NSA, oznaczona jako Dyrekcja Zabezpieczenia Informacji (IAD). Była ona zdecydowanie mniej liczna, ale jej walorem była sieć zewnętrznych podmiotów z którymi współpracowała w obrębie np. problematyki poprawy poziomu cyberbezpieczeństwa.
Obecne planowane zmiany, określane jako NSA21, mają ostatecznie zbliżyć do siebie wspomniane powyżej obie dyrekcje. Dokonując de facto połączenia dotychczas rozdzielonych administracje sfer, które jednak zdaniem orędowników reorganizacji coraz mocniej pokrywają się w codziennej praktyce działania.
Docelowo Amerykanie zamierzają stworzyć Dyrekcję Operacji (OD), przeznaczoną do tzw. działań połączonych. Dążąc przy tym w głównej mierze do spłaszczenia systemu kontroli i dowodzenia operacjami o charakterze ofensywnym i defensywnym, w obrębie całościowych zdolności NSA. Tego rodzaju działania mają być pochodną doświadczeń zebranych podczas obserwacji funkcjonowania m.in. Centrum Operacyjnego Zagrożeń NSA. Powołanego w 2005 r. jeszcze za czasów słynnego dyrektora agencji gen. Michaela V.Haydena. Co równie istotne, to właśnie z inicjatywy piętnastego w historii dyrektora NSA, w 2000 r. doszło do jednej z ważniejszych reorganizacji agencji. Wówczas m.in. powołano do życia Dyrekcja Wywiadu Sygnałowego (SID), łączącą w sobie aspekty operacyjne i technologiczne całościowego SIGINTu.
Pojawia się jednak pytanie, na ile próba połączenia obu struktur znajdzie odbicie w codziennych relacjach z zewnętrznymi partnerami agencji federalnej. Dotychczas to Dyrekcja Zabezpieczenia Informacji (IAD) częstokroć ściśle, wiele razy w sposób poufny, współpracowła w zakresie cyberbezpieczeństwa z przedstawicielami amerykańskiego przemysłu. Wraz z pojawieniem się niejako zupełnie uniwersalnej, ofensywno-defensywnej, nowej struktury, starzy i przyszli partnerzy NSA mogą mieć realnie obawy odnośnie do motywów jej działań. Zastanawiając się czy podjęte wraz z ekspertami z NSA operacje są nacechowane chęcią poprawy poziomu bezpieczeństwa np. ich sieci komputerowych czy może są podyktowane ukrytymi motywami szpiegowania innych podmiotów, przy jedynie zachowaniu swego rodzaju kamuflażu.
Publiczna dyskusja na temat wewnętrznych struktur NSA jest nowością w USA. Zwraca się bowiem uwagę, że przez wiele lat NSA postrzegnoj przez pryzmat jej trójelementowej struktury zadań – łamania kodów i szyfrów, bezpieczeństwa najważniejszych danych oraz wywiadu sygnałowego SIGINT. Obecnie wyszło na jaw, że w ramach agencji istnieje najprawdopodobniej pięć głównych operacyjnych dyrekcji z największą SID na czele, kilka dyrekcji administracyjnych oraz trzy duże centra operacyjne, w tym wspomniane zajmujące się zagrożeniami m.in. w obrębie cyberbezpieczeństwa. Ważną rolę pełnić, we współpracy z NSA, miała także struktura wojskowa oznaczona jako Centralna Służba Bezpieczeństwa (CSS). To właśnie jej personel odpowiada za kryptologię, bezpieczeństwo informacji czy SIGINT na potrzeby amerykańskich sił zbrojnych.
